Afinada təşkil edilən 1906 Olimpiadası, təşkilatçılarının oyunlar arasında ənənəvi dörd illik fasilə tələbini yerinə yetirməməsi səbəbindən qeyri-adi oldu. Bu səbəbdən olimpiadalar Beynəlxalq Olimpiya Komitəsi tərəfindən rəsmi olaraq da tanınmadı.
1906 Oyunları, Afinada da təşkil edilən ilk olimpiadanın onuncu ildönümünü xatırlamaq üçün keçirildi. İki tədbir arasındakı əlaqəni daha da vurğulamaq üçün olimpiadanın təşkilatçıları 1896-cı ildə olduğu kimi eyni yarış sxemini seçdilər. Yarışmalar çox hissəsi Mərmər Stadionunda keçirildi.
Əvvəlcə, 1906-cı ildə Olimpiadaların keçirilməsi barədə Yunanıstandan bir təklif gələndə BOK qəti bir imtina etmədi. Fakt budur ki, o vaxta qədər Olimpiya Oyunlarının nüfuzu aşağı düşdü və ictimaiyyət artıq onlara əvvəlki marağı göstərmədi. Olimpiya hərəkatının son çöküşünün qarşısını almaq üçün tədbirlər görmək lazım idi və artıq 1908-ci ilə qədər gözləmək imkanı yox idi. IOC sonradan 1906 Olimpiadasını tanımaqdan imtina etsə də, buna xalqın və xüsusilə idmançıların tədbirə qayıtmasına, hərəkəti və onun fikrini dəstəkləməsinə imkan verən oyunların qurtuluşu deyiləcək.
Çətinlik həm də ondadır ki, ənənəyə görə olimpiadalar dünyanın müxtəlif ölkələrində keçirilməli idi, lakin 1906-cı ildə bu tədbirin IOC üzvləri arasında narazılığa səbəb olan Yunanıstanda keçirilməsi planlaşdırıldı. Bu və ya digər şəkildə, amma 22 aprel tarixində oyunların möhtəşəm açılışı oldu. Medianın diqqətini 1906-cı il olimpiadasına yönəltdikdə, Afinaya çox sayda idmançı və qonaq gəldi.
Tədbirə 20 ölkədən 900-ə yaxın idmançı qatıldı, bunların arasında yeddi qadın da var idi. 1906 Olimpiadaları çərçivəsində aşağıdakı idman növləri üzrə yarışlar keçirildi: ağırlıqqaldırma, yunan-Roma güləşi, qılıncoynatma, avarçəkmə, yelkən, üzgüçülük, dalğıc, atletika, tələ və güllə atıcılığı, velosiped idmanı və tennis. Təəssüf ki, BOK 1906-cı il olimpiadasını tanımadığından iştirakçıları tərəfindən alınan bütün mükafatlar etibarsız idi və gələcəkdə nəzərə alınmadı.
Olimpiadanın bağlanış mərasimi 2 may tarixində baş tutdu. Tədbir bitdikdən sonra onun nəticələri müxtəlif ölkələrdə uzun müddət müzakirə olundu və bu da cəmiyyətin oyunlara marağını xeyli artırdı. Bu, 2000-dən çox idmançının iştirak etdiyi 1908-ci il London Olimpiadası zamanı xüsusilə nəzərə çarpdı.
